Почта
Чат
Диск
     

Установка дополнительных библиотек

Перед началом установки дополнительных программ рекомендуется обновить все установленные пакеты командой:

sudo apt-get update
Этот процесс может занять несколько минут. Затем удалить все устаревшие библиотеки командой:
sudo apt-get autoremove


Установка Java

Чтобы проверить, установлена ли в системе Java выполните команду:

java -version
Если в терминале не появилась информация о версии установленной Java, то установите ее командой:
sudo apt-get install netbeans


Установка компилятора gfortran

Компилятор GNU Fortran работает с Fortran 95, Fortran 2003, Fortran 2008. Как правило позволяет компилировать все встречающиеся исходные коды в исполняемые программы. Однако скорость работы таких программ оказывается ниже, по сравнению с программами, откомпилированными коммерческими компиляторами. Для установки выполните команду:

sudo apt-get install gfortran
Запишите в переменную окружения FC путь к используемому Фортран-компилятору:
export FC=/usr/bin/gfortran


Установка компилятора g++

Компилятор GNU С++ позволяет компилировать программы написанные на языке C++. Для установки выполните команду:

sudo apt-get install g++


Установка оболочки tcsh

Командная оболочка tcsh необходима для компиляции модели климата PUMA. Для установки выполните команду:

sudo apt-get install tcsh


Установка Python

Программа pip необходима для установки дополнительных модулей языка Python. Для установки выполните команду:

sudo apt-get install python-pip
Установить Python-модуль Pydap можно выполнив команду
sudo pip install Pydap
Установка библиотеки cairo
sudo apt-get install libcairo2-dev

Для обработки научных данных на языке Python установите дополнительный модуль SciPy командой:

sudo apt-get install python-scipy
Для построения двумерных графиков добавьте модуль MatPlotLib:
sudo apt-get install python-matplotlib
Установите модуль BaseMap для создания карт (с примерами и документацией) с помощью команды:
sudo apt-get install python-mpltoolkits.basemap python-mpltoolkits.basemap-data python-mpltoolkits.basemap-doc
Установите модуль netCDF для работы с файлами в формате netCDF с помощью команды:
sudo apt-get install python-netcdf
Установите модуль GDAL для работы создания карт и изображений с помощью команды:
sudo apt-get install python-gdal
Установка оболочки IPython осуществляется командой:
sudo apt-get install ipython
Установите интерактивную среду IPython Notebook выполнения команд Python в web-браузере с помощью команды:
sudo apt-get install ipython-notebook

Модуль PyNGL

Для обработки пространственных метеоданных с помощью NCL установите графический модуль PyNGL. Модуль можно получить только на сайте Earth System Grid. Для этого сначала зарегистрируйтесь и получите OpenID (это логин для доступа сразу ко всем сайтам, поддерживающим OpenID):

Username: логин
Password: пароль
Confirm Password: пароль
First Name: ваше_имя
Middle Name: ваше_отчество
Last Name: ваша_фамилия
Email Address: почтовый@ящик
Confirm Email: почтовый@ящик
Organization: RSHU
City: Saint-Petersburg
State or Province:
Country: Russian Federation

нажмите кнопку "Register". Перейдите на сайт Earth System Grid и укажите ваш OpenID в виде:

https://www.earthsystemgrid.org/myopenid/логин

На следующей странице укажите ваш пароль к OpenID на нажмите на кнопку "Login".
После удачного входа на сайт перейдите на страницу PyNGL 1.4.0, ознакомьтесь с лицензией и нажмите кнопку "Accept License". В новом окне нажмите на кнопку "Download Individual Files". Появишемся окне щелкните на ссылку "download" рядом с названием файла "PyNGL-​1.​4.​0.​linux-​debian-​x86_​64-​gcc445-​py271-​numpy160.​tar.​gz". Сохраните файл в каталоге ~/downloads/.

Перейдите в каталог ~/downloads/ командой:
cd ~/downloads/
Распакуйте tar-архив командой:
tar -xzvf PyNGL-​1.​4.​0.​linux-​debian-​x86_​64-​gcc445-​py271-​numpy160.​tar.​gz
Копируйте все файлы из каталога ~/downloads/lib/python2.7/site-packages/ в каталог /usr/local/lib/python2.7/site-packages/ командой:
sudo cp -r ~/downloads/lib/python2.7/site-packages/* /usr/local/lib/python2.7/site-packages/

Модуль netcdf4-python

Перед установкой модуля проверьте установлены ли библиотеки HDF5 и netCDF, выполнив команду:
sudo ldconfig
Если библиотеки еще не установлены от установите их.

Перейдите в каталог ~/downloads/ командой:
cd ~/downloads/
Загрузите исходный код модуля netcdf4-python командой:
wget http://netcdf4-python.googlecode.com/files/netCDF4-1.0.5.tar.gz
Распакуйте tar-архив командой:
tar -xzvf netCDF4-1.0.5.tar.gz
Перейдите в появившийся каталог командой:
cd ~/netCDF4-1.0.5/
Установите модуль командой:
python setup.py install

Проект PyTROLL

В рамках совместного проекта PyTROLL Датского метеорологического института (DMI) и Шведского метеорологического института (SHMI) разработаны модули на языке Python, позволяющие осуществлять чтение и обработку данных метеорологических спутников.

Модуль python-bufr

Загрузите модуль python-bufr командой:
 wget http://python-bufr.googlecode.com/files/python-bufr-0.2-5.tar.gz

Установка библиотеки libpng

Библиотека libpng предназначена создания изображений в формате PNG (Portable Network Graphics). Используется при работе со спутниковыми данными и визуализации результатов численного моделирования. Для ее установки необходимо выполнить следующие действия.

Перейти в каталог загрузок:

cd ~/downloads/
Загрузить tar-файл с исходным кодом библиотеки zlib:
wget http://prdownloads.sourceforge.net/libpng/libpng-1.6.3.tar.gz
Распаковать tar-архив командой:
tar -xzvf libpng-1.6.3.tar.gz
Прейти в каталог библиотеки командой:
cd ./libpng-1.6.3/
Создать файл Makefile:
./configure
Компилировать библиотеку командой:
make
Установить библиотеку командой:
sudo make install


Установка библиотеки zlib

Библиотека zlib предназначена для сжатия данных. Используется при работе с файлами в форматах netCDF и HDF5. Для ее установки необходимо выполнить следующие действия.

Перейти в каталог загрузок:

cd ~/downloads/
Загрузить tar-файл с исходным кодом библиотеки zlib:
wget http://downloads.sourceforge.net/project/libpng/zlib/1.2.8/zlib-1.2.8.tar.gz
Распаковать tar-архив командой:
tar -xzvf zlib-1.2.8.tar.gz
Прейти в каталог библиотеки командой:
cd ./zlib-1.2.8/
Создать файл Makefile:
./configure
Компилировать библиотеку командой:
make
Установить библиотеку командой:
sudo make install


Установка библиотеки HDF5

Библиотека HDF5 предназначена работы с данными в форматах HDF5 и netCDF. Для ее установки необходимо выполнить следующие действия.

Перейти в каталог загрузок:

cd ~/downloads/
Загрузить tar-файл с исходным кодом библиотеки HDF5:
wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/hdf5-1.8.11.tar.gz
Распаковать tar-архив командой:
tar -xzvf hdf5-1.8.11.tar.gz
Прейти в каталог библиотеки командой:
cd ./df5-1.8.11/
Создать файл Makefile командой:
./configure --prefix=/usr/local --enable-shared --enable-hl --enable-fortran --enable-cxx
Затем компилировать библиотеку командой (если у вас, например, 8 процессоров, то компилируйте с ключом: make -j 8):
make
Установить библиотеку командой:
sudo make install


Установка библиотеки netCDF

Перейти в каталог загрузок:

cd ~/downloads/
Загрузить tar-файл с исходным кодом библиотеки netCDF:
wget http://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/ftp/netcdf-4.3.0.tar.gz
Распаковать tar-архив командой:
tar -xzvf netcdf-4.3.0.tar.gz
Прейти в каталог библиотеки командой:
cd ./netcdf-4.3.0/
Создать переменную окружения LDFLAGS, в которую записать путь к файлам библиотек:
export LDFLAGS=-L/usr/local/lib
Создать переменную окружения CPPFLAGS, в которую записать путь к файлам заголовков:
export CPPFLAGS=-I/usr/local/include
Создать Makefile командой:
./configure --enable-netcdf-4 --enable-dap --enable-shared --prefix=/usr/local
Затем компилировать библиотеку командой:
make
Установить библиотеку командой:
sudo make install


Установка библиотеки OpenMPI

Перейти в каталог загрузок:

cd ~/downloads/
Скачайте библиотеку OpenMPI командой:
wget http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/downloads/openmpi-1.6.5.tar.gz
Распакуйте tar-архив с помощью команды:
tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
Перейдите в появившийся каталог:
cd ./openmpi-1.6.5/
Создайте конфигурационный файл командой:
./configure --prefix=/usr/local
Откомпилируйте библиотеку в расчете на работу со всеми доступными ядрами в процессоре:
make -j `cat /proc/cpuinfo | grep "cpu cores" | uniq | awk '{print $NF}'`
Установите библиотеку в системный каталог /usr/local/ с помощью команды:
sudo make install
Для того, чтобы сделать библиотеку OpenMPI доступной для программ ее необходимо записать в каталог /usr/local/lib/ с помощью команды:
sudo ldconfig /usr/local/lib/


Установка библиотеки MPICH2

Перейти в каталог загрузок:

cd ~/downloads/
Скачайте библиотеку MPICH2 командой:
wget http://www.mpich.org/static/downloads/3.0.4/mpich-3.0.4.tar.gz
Распакуйте tar-архив с помощью команды:
tar xzvf mpich-3.0.4.tar.gz
Прейти в каталог библиотеки командой:
cd ./mpich-3.0.4/
Создайте конфигурационный файл командой:
./configure
Откомпилируйте библиотеку командой:
make
Установите библиотеку командой:
sudo make install


Установка библиотеки GDAL

Перед началом установки библиотеки GDAL необходимо получить дополнительный декодер данных METEOSAT. Этот файл заказывается индивидуально на условиях отдельной лицензии. Описание процесса получения декодера приведено ниже.

Получение декодера вейвлет-сжатия данных METEOSAT

В формате MSG используется вейвлет-сжатие. Библиотека с декодером предоставляется EUMETSAT по запросу каждого пользователя. Для этого необходимо перейти на страницу запроса http://oiswww.eumetsat.int/WEBOPS-cgi/wavelet/register и заполнить анкету:

First Name: ваше_имя
Last Name: ваша_фамилия
Organisation: RSHU
Position: Student
Address: 98 Malookhtinsky ave.
City: Saint-Petersburg
Postal/Zip Code: 195196
Country: Other, please specify... Russian Federation
Telephone: +7 812 633 0174
Fax: +7 812 633 0182
Email Address: почтовый@ящик

в завершении нажмите кнопку "Register". В появившемся окне ознакомитесь с условиями лицензии и нажмите на кнопку "Accept". Через несколько ЧАСОВ на указанный вами e-mail придет письмо со ссылкой на скачивание файла PublicDecompWT.zip. Используйте эту ссылку ниже.

Собственно установка библиотеки

Библиотека GDAL (Geospatial Data Abstraction Library) позволяет получать различные виды растровых и векторных изображений по сеточным данным, в том числе по данным спутников METEOSAT.

Перейти в каталог загрузок:

cd ~/downloads/
Для загрузки исходного кода библиотеки GDAL выполнить команду:
wget http://download.osgeo.org/gdal/1.10.1/gdal-1.10.1.tar.gz
Распакуйте tar-архив с помощью команды:
tar xzvf gdal-1.10.1.tar.gz
Загрузите файл с декодером MSG командой (ссылку на файл вставьте из e-mail):
wget http://oiswww.eumetsat.org/wavelet/html/??????????/PublicDecompWT.zip
Скопируйте декодер в каталог ./gdal-1.10.1/fmrts/msg/ командой:
cp ./PublicDecompWT.zip ./gdal-1.10.1/frmts/msg/
Перейдите в появившийся каталог:
cd ./gdal-1.10.1/
Создайте конфигурационный файл с поддержкой netCDF и MSG командой:
./configure --with-netcdf --with-msg
Откомпилируйте библиотеку командой:
make
Установите библиотеку командой:
sudo make install



Полезная информация

Официальный сайт zlib
Официальный сайт MPIСH2
Intel MPI Library
Installing Open MPI 1.6.5
А.А. Букатов, В.Н. Дацюк, А.И. Жегуло Программирование многопроцессорных вычислительных систем. - Ростов-на-Дону: Издательство ООО "ЦВВР", 2003. - 208 с.
Инструкция по компиляции GDAL с поддержкой обработки данных MSG (англ.)